草鱼含信号肽分泌蛋白的预测分析
孙翰昌,杨帆,徐敬明,袁万安
重庆文理学院,生命科学与技术学院,重庆,402168
Analysis of the Secreted Proteins in Genome of Signal Peptides in Grass Carp Ctenopharyngodon idellus
SUN Han-chang,YANG Fan,XU Jing-ming,YUAN Wan-an
摘要 采用组合的信号肽分析软件SignalP 3.0,TMHMM 2.0,big-PI,TargetP 1.1和Lipop 1.0对已公布的522个草鱼ORF编码蛋白的N端氨基酸序列进行信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构.结果表明,522个草鱼氨基酸序列中分泌蛋白有61个,占其基因组编码蛋白的11.7%.编码这些蛋白的可读框(ORF)最小值为127 bp,最大值为5032 bp,平均910 bp,引导它们的信号肽长度介于15～32个氨基酸之间,平均为21个氨基酸.通过对草鱼分泌蛋白切割位点信号肽类型分析发现具Ⅰ型信号肽的分泌蛋白有17个,Ⅱ型的有4个.草鱼分泌蛋白中,42个具可预测功能,19个为未知功能蛋白.已知功能的分泌蛋白主要集中于细胞代谢,细胞调控及转运,细胞膜结构,细胞的免疫等领域.
收稿日期: 2011-03-25
引用本文:
孙翰昌,杨帆,徐敬明,袁万安. 草鱼含信号肽分泌蛋白的预测分析[J]. , 2011, 30(3): 164-167.
链接本文:
http://www.shchkx.com/CN/ 或 http://www.shchkx.com/CN/Y2011/V30/I3/164
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