斑海豹线粒体基因组序列分析及比较研究
高祥刚,鹿志创,田甲申,韩家波,赫崇波,宋新然
辽宁省海洋水产科学研究院,辽宁省海洋水产分子生物学重点实验室,辽宁大连 116023; 大连圣亚旅游控股股份有限公司,辽宁 大连 116023
Analysis and Comparison of Complete Mitochondrial Genome in Spotted Seal Phoca largha
GAO Xianggang, LU Zhichuang, TIAN Jiashen, HAN Jiabo, HE Chongbo, SONG Xinran
摘要
本研究采用LAPCR扩增和引物步移相结合的方法对我国辽东湾斑海豹的线粒体基因组全序列进行了测定,并完成了基因组成和系统发生学分析。辽东湾斑海豹线粒体基因组长为16 754 bp,其基因构成与其他海洋哺乳动物基本一致,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和1个控制区。在其37个基因中,ND6、tRNAAla 、tRNAAsn 、tRNACys 、tRNATyr 、tRNASer(UCN) 、tRNAGlu 、tRNAPro 位于L链上,其余均位于H链上。对我国辽东湾、韩国和美国阿拉斯加斑海豹线粒体基因组进行了比较分析,结果显示,三者线粒体基因组长度略有不同,差异主要体现在以重复片段形式存在的控制区序列中。值得注意的是,在编码区中,3个目标群体的线粒体ND5基因核苷酸差异最为显著,共检测到了18个突变位点,造成4处氨基酸序列变异。斑海豹线粒体基因组蛋白编码基因的变异分析及海豹科系统进化分析结果显示,我国辽东湾和韩国斑海豹的序列同源性显著高于美国阿拉斯加斑海豹,说明辽东湾和韩国斑海豹很可能来自同一个种群。
关键词 :
斑海豹 ,
线粒体基因组 ,
结构比较 ,
系统进化
Key words :
Phoca largha
mitochondrial genome
comparative structure
phylogeny
引用本文:
高祥刚,鹿志创,田甲申,韩家波,赫崇波,宋新然. 斑海豹线粒体基因组序列分析及比较研究[J]. 水产科学, 2017, 36(4): 509-513.
GAO Xianggang, LU Zhichuang, TIAN Jiashen, HAN Jiabo, HE Chongbo, SONG Xinran. Analysis and Comparison of Complete Mitochondrial Genome in Spotted Seal Phoca largha . 水产科学, 2017, 36(4): 509-513.
链接本文:
http://www.shchkx.com/CN/ 或 http://www.shchkx.com/CN/Y2017/V36/I4/509
[1]
薛蓓,张培,李志辉,赵莲,赖晓芳,阎斌伦,高焕. 脊尾白虾不同发育期线粒体基因组甲基化特征分析 [J]. 水产科学, 2017, 36(5): 628-633.
[2]
邹潇潇,刘鑫鑫,朱军,林勇,黄惠琴,鲍时翔. 马尾藻属新变种--拟披针叶马尾藻潭门变种的形态鉴定及系统进化分析 [J]. , 2016, 35(6): 681-685.
[3]
鲍相渤. 皮氏蛾螺和水泡蛾螺线粒体基因组及核糖体ITS2的比较研究 [J]. , 2016, 35(6): 686-692.
[4]
杨宪宽,赵会宏,林权卓,陈奕彬,刘丽杰,刘燕,李治虎. 双棘黄姑鱼促性腺激素释放激素基因的克隆及系统进化分析 [J]. , 2015, (4): 245-250.
[5]
李石磊,张明,王庆志,王笑月,李大成,刘卫东,刘忠颖,陈远. 16种环节动物线粒体基因排列、特征比较及系统发育分析 [J]. , 2015, 34(2): 104-112.
[6]
宋新然,王勤国,张培君,杨勇,韩家波,于长哲,楚善合,张胜久. 豢养斑海豹血液学及血液生化指标的测定与分析 [J]. , 2014, 33(7): 427-432.
[7]
王召会,田甲申,王摆,吴金浩. 大连斑海豹国家级自然保护区动物体内石油烃污染状况 [J]. , 2014, (4): 245-248.
[8]
张培君,杨勇,韩家波,田甲申,王丽梅,鹿志创. 豢养斑海豹生长规律研究 [J]. , 2013, (8): 471-474.
[9]
赵娜娜,孟学平,申欣,程汉良,阎斌伦,郑立波,朱笑琳,刘兆普. 头足纲线粒体基因组结构分析 [J]. , 2013, 32(3): 146-152.
[10]
孟学平,申欣,赵娜娜,田美,郑立波,程汉良,阎斌伦,董志国. 双壳类线粒体基因组结构分析 [J]. , 2013, (12): 721-729.
[11]
田甲申,韩家波,张明,李华琳,鹿志创. 大连斑海豹自然保护区海域渔业资源现状初步研究 [J]. , 2013, (11): 646-652.
[12]
申欣. 星虫动物线粒体基因组全序列的基因排列和特征比较 [J]. , 2012, 31(9): 554-559.
[13]
李云峰,李梦遥,王健,高祥刚,赫崇波,周遵春,杨爱馥. 仿刺参线粒体全基因组序列结构及比较研究 [J]. , 2012, 31(8): 454-462.
[14]
申欣,田美,孟学平,程汉良,彭永兴,李士虎. 鲟类线粒体基因组分子标记、遗传距离及系统演化分析 [J]. , 2012, 31(7): 413-418.
[15]
申欣,田美,程汉良,孟学平,任建峰. 海参纲线粒体基因组特征分析及分子标记探讨 [J]. , 2011, 30(7): 400-404.